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微生物有機肥料使用注意事項有以下幾點。（1）要仔細了解微生物菌劑的功能與使用條件，有針對性的使用菌劑。固氮菌只能用于具固氮能力的豆科、牧草等作物，且不同作物所適用的菌種不一樣；磷細菌、硅酸鹽細菌適用緩效態磷、鉀含量豐富的土壤。（2）生物有機肥料必須深施入土，防止陽光直接照射殺傷微生物。（3）生物有機肥料**集中使用在作物根部，微生物在作物根系周圍形成有益生態環境，促進作物生長。（4）生物有機肥料不宜與殺菌劑或其它農藥混合使用，以免影響肥效。（5）微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。（6）微生物肥料應避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。 （7）微生物肥料不能長期泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進微生物活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%-70%。（8）微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。（9）微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，一次用完，包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。（10）避免盲目施用微生物肥料。 微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。（11） 注意微生物肥料的肥效條件。 微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。
